Chromatrap ChIP相关试剂盒-相关技术文章

更新时间：2024-08-15

浏览次数：122

Chromatrap ChIP相关试剂盒

Chromatrap公司技术领域。

Chromatrap为Porvair Science公司旗下的产品。该品牌产品主要为ChIP相关试剂盒。Chromatrap® ChIP 测定技术比传统磁珠法的效率更高，原因是与蛋白质 A 或 G结合的固相多孔聚合物捕获染色质的效率更高。尽管同样是使用离心柱法，但其优势是琼脂糖珠或磁珠远不可相比的

介绍

在转录过程中，新生RNA可以与DNA模板链杂交，使非模板DNA链成为单链。这些结构被称为 R 环，它们的持续形成会对基因组完整性造成有害影响，这可能是由于未配对的单链 DNA （ssDNA）

尽管R环有可能在基因组的很大一部分上形成，但它们并不是转录的简单结果。由于 DNA 序列、转录、拓扑和染色质环境的复杂相互作用，它们发生在特定的保守位点上（切丹， 2016）。在具有未甲基化 CpG 岛启动子的活性哺乳动物蛋白质编码基因上，R 环富集在启动子和终止位点上并增强激活，并且它们与活性转录的组蛋白标记相关，例如组蛋白 H3 赖氨酸 4 的单甲基化和三甲基化（H3K4me1/3）和 H3 乙酰化.R-loops可以作为转录激活因子，但它们也可以通过各种机制诱导不同细胞类型的转录抑制.R环在激活或抑制中的这种“双重"功能强烈表明，R环的形成在不同的情况下可以具有不同的作用和机制。

Polycomb 组（PcG）蛋白是转录抑制的主要表观遗传调节因子，它们需要沉默胚胎干细胞（ESC）中富含 CpG 的发育调节基因，并维持在细胞承诺期间建立的基因表达模式它们组装在两个主要的多亚基复合物中：Polycomb 抑制复合物 1 （PRC1）和 PRC2。PRC1 和 PRC2 的催化组分分别为 RING1B 和 EZH2。RING1B 单泛素化赖氨酸 119 （H2Aub1）中的组蛋白 H2A，EZH2 是一种甲基转移酶，负责赖氨酸 27 （H3K27me2/3）中 H3 的二甲基化和三甲基化。

Polycomb介导的转录抑制机制尚不wan全清楚。尽管它们在抑制中起作用，但小鼠胚胎干细胞（mESC）中的 PcG 靶基因显示活性染色质标记 H3K4me3、RNA 聚合酶 II （Pol II）和一般转录因子。Pol II 在 PcG 抑制基因的启动子和编码区上检测到，并表现出其 C 末端结构域（CTD）的丝氨酸 5 磷酸化（Ser5P），但不表现出 Ser2P 或 Ser7P，后者是生产性转录延伸的标志物.与沉稳的Pol II的存在一致，在一些PcG靶标

例如，转录本身起着一定的作用，因为仅基因沉默就可以促进PRC2募集到CpG岛启动子.建议通过PRC2（Wang 等人，2004,Boyer 等人，2006 年）。然而，非经典 PRC1（含有 RYBP 而不是 CBX）也可以通过 KDM2B 赖氨酸去甲基化酶

迄今为止，已经在人类 ESC 中探索了 PcG 靶基因上 R 环的存在，其中基于生物信息学分析检测到正相关（Ginno 等人2013 年），在分化的小鼠成纤维细胞（NIH 3T3 系）中，报告了负相关（Sanz 等人，2016 年).因此，目前尚不清楚PcG抑制机制是否以及如何受到R环的调节。

在这里，我们使用 mESC 来探索 R 环对 PcG 抑制机制的贡献。我们发现 R 环在 PcG 靶标处形成，R 环丢失导致 PcG 募集不足和 Pol II 的镇定状态改变，导致基因去抑制。全基因组分析表明，R环的形成不是低转录水平的微不足道的结果，并且仅发生在PcG抑制基因的一个子集上。单独敲除组成型 EZH2 （PRC2）不足以影响 R 环或 RING1B （PRC1）募集，也不会导致 R 环阳性基因的转录去抑制。相反，在这些情况下去除 R 环会导致基因激活并减少 RING1B 募集。在抑制 EZH2 催化活性后，R 环和 RING1B 可以抑制 PcG 靶标。我们的研究结果揭示了 R 环和 PRC1 募集之间意想不到的相互作用，这有助于 PcG 抑制。

结果

R-环在 PcG 抑制基因上形成为了研究 R 环是否在 PcG 介导的转录沉默中发挥作用，我们使用 DNA-RNA 免疫沉淀（DIP 或 DRIP）分析（Skourti-Stathaki 等人，2011 年,Ginno 等人，2012 年,Ginno 等人，2013 年,Skourti-Stathaki 等人，2014 年,Sanz 等人，2016 年）在 mESC 中。我们选择了五个先前表征的基因，即 Msx1、Math1、Nkx2.2、Nkx2.9 和 Gata4。这些基因具有注释良好的 CpG 岛启动子，在其启动子和编码区富含 GC，并且在 mESC 中由 PRC1、PRC2 和稳固的 Ser5P Pol II （Stock 等人，2007 年,Brookes 等人，2012 年,Ferrai 等人，2017 年).用 RNA-DNA 杂交特异性抗体 S9.6 （Boguslawski 等人，1986 年），并使用位于含有转录起始位点（TSS）的启动子（P）区域和基因体编码（C）区域内的引物分析纯化的 DNA。作为阳性对照，我们使用了高表达的活性基因 β-肌动蛋白，它在 P 和 C 区域形成 R 环（Skourti-Stathaki 等人，2011年,Skourti-Stathaki 等人，2014 年).作为阴性对照，我们使用不形成 R 环的活性基因 CyclinB1（Skourti-Stathaki 等人，2014 年）和在mESC中既不表达也不与PcG或Pol II相关的基因Myf5（Stock 等人，2007 年,Brookes 等人，2012 年).正如预期的那样，R-环在β-肌动蛋白上富集，但在CyclinB1或Myf5上未检测到。值得注意的是，在所有五个 PcG 抑制基因的 P 和 C 区域，R 环都特异性富集。

以下为Chromatrap公司热销产品

产品名称	货号	规格
Chromatrap ChIP-seq Pro A	500189	24
Chromatrap Enzymatic ChIP-seq Pro A	500191	24
Chromatrap ChIP qPCR Pro A	500071	24
Chromatrap Enzymatic Shearing	500165	请咨询
Chromatrap Enzymatic ChIP-seq Pro G	500192	24
Chromatrap Premium Enzymatic ChIP qPCR Pro A	500167	24
Lysis Buffer for sonication 10ml	100001	1
Hyptonic Buffer 50ml	100007	1
DNA Extraction Columns (50)	500260	50
DNA Extraction plate (2x96)	500261	2x96
Size Selection Columns (5)	500262	5
Size selection Plate (2x96)	500263	2x96
Chromatrap® DNA Purification (columns)	500218	50
Chromatrap® Gel Purification (columns)	500219	50
UniqSeq plus library prep sonication pro A	500264	请咨询
UniqSeq plus library prep sonication pro G	500265	请咨询
UniqSeq plus library prep enzymatic pro A	500266	请咨询
UniqSeq plus library prep enzymatic pro G	500267	请咨询
5mC	700005	100ul
H3K9me2	700023	100ul
Positive Primer Set 9	800013	请咨询
Negative Primer Set 6	800014	请咨询
Negative Primer Set 7	800015	请咨询
ChIP Validated H3K4me1 Antibody with Positive and Negative Primer Sets	900023	请咨询
ChIP Validated H4K5ac Antibody with Positive and Negative Primer Sets	900024	请咨询
ChIP Validated H4K12ac Antibody with Positive and Negative Primer Sets	900025	请咨询
ChIP Validated H3K9me1 Antibody with Positive and Negative Primer Sets	900026	请咨询
ChIP Validated H3K9me2 Antibody with Positive and Negative Primer Sets	900027	请咨询
ChIP Validated H3K4me1 Antibody with Positive Primer Set	900028	请咨询
ChIP Validated H4K5ac Antibody with Positive Primer Set	900029	请咨询
ChIP Validated H4K12ac Antibody with Positive Primer Set	900030	请咨询
ChIP Validated H3K9me1 Antibody with Positive Primer Set	900031	请咨询
ChIP Validated H3K9me2 Antibody with Positive Primer Set	900032	请咨询
ChIP Validated H3, Clone RM188 Antibody with Positive Primer Set	900033	请咨询
ChIP Validated H2Az Antibody with Positive Primer Set	900034	请咨询
ChIP Validated H4 Antibody with Positive Primer Set	900035	请咨询
Chromatrap ChIP-seq Pro G	500190	24
Chromatrap HT ChIP-seq Pro A	500214	96
Chromatrap HT ChIP-seq Pro G	500215	96
Chromatrap HT Enzymatic ChIP-seq Pro A	500216	96
Chromatrap HT Enzymatic ChIP-seq Pro G	500217	96
Chromatrap ChIP qPCR Pro G	500117	24
Chromatrap Premium ChIP qPCR Pro A	500115	24
Chromatrap Premium ChIP qPCR Pro G	500116	24
H3K9ac	700024	100ul
H3K36me2	700025	100ul
Chromatrap HT ChIP-qPCR Pro A	500161	96
Chromatrap HT ChIP-qPCR Pro G	500163	96
Chromatrap HT Enzymatic ChIP-qPCR Pro A	500162	96
Chromatrap HT Enzymatic ChIP-qPCR Pro G	500164	96

上一篇：DOW陶氏化学-相关技术文章
下一篇：Eton Bioscience 代谢检测试剂盒、ELISA试剂盒-相关技术文章